Keberadaan Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) dalam struktur organisasi Itenas telah ditetapkan sejak tahun 2003 dalam Statuta Itenas, sebagai tindak lanjut dari keberhasilan empat jurusan yaitu jurusan Teknik Industri, Teknik Sipil, Teknik Mesin dan Teknik Kimia dalam memperoleh hibah Technological and Professional Skills Development Sector Project (TPSDP) dari Dikti pada tahun 2002 dan 2003.
Secara resmi LPM (dahulu UPM) baru dibentuk pada bulan Juli 2005. Selama 2005-2006 LPM belum dapat menjalankan fungsinya secara efektif, antara lain karena pemahaman para dosen dan karyawan tentang sistem penjaminan mutu masih sangat rendah, serta struktur organisasi dan mekanisme kerja yang efektif belum terbentuk.
Pada bulan Juni 2006 sampai Juli 2007 LPM Itenas memperoleh Hibah Institutional Support System- Quality Assurance (ISS-QA) dari TPSDP. Hibah ini membantu meletakkan dasar proses pembangunan sistem penjaminan mutu, antara lain membentuk struktur organisasi, pembuatan dokumen kebijakan akademik, standar akademik, inventarisasi dan pengembangan dokumen mutu serta memulai fungsi monitoring dan evaluasi internal.
Dalam Statuta ITENAS tahun 2016, struktur organisasi LPM terdiri dari kepala LPM dan dibantu oleh dua Wakil Kepala, yaitu Wakil Kepala Bidang Pengembangan Standar dan Wakil Kepala Pengawasan Internal. Dalam menjalankan tugas, LPM dibantu oleh peer group jurusan, yaitu dosen yang ditunjuk menjadi perwakilan jurusan dalam menjalankan penjaminan mutu. Peer group jurusan berkoordinasi dengan LPM dalam rapat rutin yang diselenggarakan setiap dua minggu. Untuk mempercepat pemahaman tentang sistem penjaminan mutu, dalam rangka hibah tersebut telah dilakukan sosialisasi kepada pimpinan , staf akademik dan non akademik serta teknisi.
Program penjaminan mutu di Itenas dilaksanakan berdasarkan Permenristekdikti No 62 tahun 2016, sebagaimana dicantumkan dalam BAB III pasal 8 ayat 4 mengenai Tugas dan wewenang, yaitu:
Perguruan tinggi mempunyai tugas dan wewenang:
- merencanakan, melaksanakan, mengevaluasi, mengendalikan, dan mengembangkan SPMI;
- menyusun dokumen SPMI yang terdiri atas dokumen kebijakan SPMI, dokumen manual SPMI, dokumen standar dalam SPMI, dan dokumen formulir yang digunakan dalam SPMI;
- membentuk unit penjaminan mutu atau mengintegrasikan SPMI pada manajemen perguruan tinggi;
- mengelola Pangkalan Data Pendidikan Tinggi (PD Dikti) pada tingkat perguruan tinggi;